代替医療には多くの種類があり、使用することにはメリットとデメリットがある。メリットとして挙げられるのは、「手軽に始めやすい」ということである。代替医療には、中国伝統医学やインド伝統医学など医学的なもの以外に、サプリメントや健康食品など簡単に買えるものや、マッサージやヨガ、アロマセラピー、アニマルセラピー、鍼治療など気軽に始められるものも含まれている。売っているところや行ってもらえるところを探しやすいため、自分に合った方法を見つけやすいのだ。
しかしその手軽さはデメリットでもある。代替医療は効果に明確な根拠がないものが少なくないため、医療機関で行われている代替医療は限られており、一般人が手軽に始められるものの安全性やその効果は、まだ研究が必要であり不確かな場合がほとんどなのである。病院で行われている治療に対して、自分の選んだ代替医療が合っているかどうかの判断は非常に難しく、植物由来など安全そうな成分のサプリメントであっても、治療に使われている薬に合っておらず効果を弱めてしまう危険性もある。
また、保険が適用されないものが多いのも、デメリットと言える。鍼灸治療など、国家資格が必要な一部の代替医療には健康保険が適用されるが、それ以外にはお金がかかってしまうのだ。うまい宣伝文句で、効果がはっきりとしないのに高い商品やサービスを利用させようとする人もいる。そのため、代替医療の詳細を知り、冷静になって情報の信ぴょう性を見極めることが大切である。